Liko và Roy tiến đến khu rừng nơi ngài Kaiyan kể rằng mình đã chạm trán Rayquaza Màu Đen. Mori cũng cảm thấy hứng thú và quyết định đi cùng. Trên đường đi, cả ba tận mắt chứng kiến những dấu tích tàn khốc của một vụ cháy rừng, nhưng thật may là khu vực họ đang hướng đến vẫn còn vẹn nguyên. Liko và các bạn bắt đầu cuộc tìm kiếm Rayquaza, nhưng chẳng bao lâu sau cả ba đã bị lạc mất nhau. Giữa lúc đó, Arboliva - Pokémon sống trong khu rừng này - cũng bắt đầu có động thái lạ...!?
