Có một huyền thoại về Sea Temple được tạo ra bởi People of the Water, nơi Sea Crown được cất giữ. Chưa có ai nhìn thấy Sea Crown, và rất ít người biết về câu chuyện của ngôi đền, ngoại trừ một vài thành viên của People of the Water lang thang khắp thế giới Pokémon. Mọi thứ thay đổi khi Vệ binh Pokémon tên Jackie giải cứu quả trứng Manaphy khỏi tên cướp biển tham lam tên Phantom! Phantom cực kì quyết tâm để cướp được Sea Crown, và hắn cần Manaphy để làm điều đó. Để luôn dẫn trước một bước, Jackie sẽ cần có sự giúp đỡ của People of the Water. Một cuộc gặp gỡ với People of the Water đã đặt Satoshi, May và những người bạn vào ngay chính giữa hành động và May hình thành một mối quan hệ đặt biệt với Manaphy Huyền ảo, ngay cả khi đó những bóng ma của Phantom càng tiếng đến gần hơn! Cùng với nhau, họ phải tìm ra Sea Temple trước khi Phantom tim thấy nó, giải mã được bí mật giữa Manaphy và Sea Temple!
