Con tàu bay của Đội Điện Kích Xông Pha buộc phải hạ cánh khẩn cấp xuống một hòn đảo xa xôi thuộc vùng Kanto do bị hỏng. Ngay sau đó, Pokémon trên tàu là Fuecoco đã biến mất từ lúc nào không hay. Để tìm kiếm Fuecoco, Liko và Sprigatito đã lên hòn đảo này. Trong khi đó, Roy - một cậu bé sống trên đảo - đã tình cờ bắt gặp một Pokémon bí ẩn mà cậu chưa từng thấy bao giờ...!?
